Pour ça, il suffit d'appliquer le Compressed Folder patch dispo ici et le décompresser dans le répertoire contenant vos sources mutt :
patch -p1 < patch*.*

Puis compiler mutt avec l'option --enable-compressed , et ajouter ces 3 nouveaux hooks dans /etc/Muttrc :

open-hook \\.gz$ "gzip -cd %f > %t"
close-hook \\.gz$ "gzip -c %t > %f"
append-hook \\.gz$ "gzip -c %t >> %f"

Note 1: si l'option $save_empty (permettant de conservant les mailboxes vides) est activée, mieux vaut la commenter car le script n'aprécie pas qu'on lui demande d'archiver du vide :)
Note 2: si plantage au niveau du make, vérifier que vous avez bien gettext installé...